Kể từ khi chính quyền Trung Hoa Dân Quốc thành lập năm 1911 cho đến tận năm 1947, chức danh của người đứng đầu chính quyền Trung Hoa Dân Quốc nhiều lần được thay đổi: năm 1912-1913 là Đại tổng thống lâm thời; năm 1913-1924 là Đại tổng thống; năm 1924-1926 là Chấp chính lâm thời; năm 1927-1928 gọi là Đại nguyên soái Hải Lục Quân; năm 1928-1948 là Chủ tịch Chính phủ Quốc dân.

Sau khi Hiến pháp Trung Hoa Dân Quốc được ban hành vào ngày 25 tháng 12 năm 1947, danh xưng chính thức của chức vụ nguyên thủ quốc gia Trung Hoa Dân Quốc được gọi là Tổng thống Trung Hoa Dân Quốc. Hiến pháp này đồng thời cũng thiết lập chức vụ Phó tổng thống làm phó nguyên thủ và thành lập Phủ Tổng thống làm cơ quan giúp việc cho Tổng thống và Phó tổng thống. Ngày 20 tháng 5 năm 1948, Đặc cấp Thượng tướng Tưởng Giới Thạch được Đại hội Đại biểu Quốc dân khóa I bầu vào chức vụ Tổng thống, trở thành vị Tổng thống đầu tiên chính thức sau khi thực thi Hiến pháp mới. Nhất cấp Thượng tướng Lý Tông Nhân sau đó cũng được bầu vào chức vụ Phó tổng thống.

Từ năm 1947 đến nay (2016) đã có 14 nhiệm kỳ Tổng thống với 8 người lần lượt giữ chức vụ này. Đương kim Tổng thống Trung Hoa Dân Quốc là bà Thái Anh Văn. Bà cũng đồng thời là nữ tổng thống đầu tiên và là nữ tổng thống duy nhất của Trung Hoa Dân Quốc cho đến thời điểm hiện tại.